在日本无菌蛋最常见的食用方法就是拌米饭吃，而在我国更多人喜欢做成溏心蛋或温泉蛋。但我们需要注意的是，有些细菌是巴氏消毒所不能灭的，所以无菌蛋在严格意义上来讲并不是绝对的无菌。正因为如此，无菌蛋的保质期非常短，在超市里每一颗无菌蛋都会被标注可食用日期。大多数的无菌蛋保质期都在7~10天左右，主要受温度影响。
虽说无菌蛋是来源于日本的一款产品，但是在我国也是可以买到的。像一般的生鲜超市就会有售卖，其次像喜仕屋这种日式快餐店也有在卖。喜仕屋的无菌蛋主要是做成温泉蛋的形式，进行售卖，通常会和牛肉或咖喱搅拌在一起食用。
