1、种子含水量在贮藏期间应控制在安全含水量以下，稻、麦、玉米等粮食作物种子安全含水量为12%～13%；棉花、豆类、花生等高油量种子为5%～9%；蔬菜种子为7%～9%。温度和湿度显著影响种子生活力，应避免高温（＞30℃）和高湿（相对湿度＞75%或种子含水量＞15%）的贮藏条件。
2、气体影响种子呼吸，应保持10～20℃低温、干燥种子在密闭条件下贮藏。贮藏方法因种子用途而异。作物品系、育种材料种子，用麻袋、多孔纸袋、玻璃瓶等包装；大田种子采用散装、围囤或袋装。种子入库前先行种子清选干燥和库房消毒；入库后注意通风换气和防潮、防虫、防鼠并定期检查和测定发芽率。
