年度已预缴税额大于年度应纳税额怎么处理

1、预缴税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。

2、《国家税务总局关于印发〈企业所得税汇算清缴管理办法〉的通知 》（国税发[2009]79号）第十一条规定，纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；

3、按照上述规定，你公司可以到主管局申请办理退税或者抵顶第一季度企业所得税预缴的税款。