茅台十分重视企业管理，不断完善质量管理体系。1999年，率先在行业内通过“绿色食品”认证；2000年3月，获国家质量技术监督局“中华人民共和国地理标志保护产品”。
2001年12月，通过“有机食品”认证。其后，均按要求定期接受考核，通过复审认证。下图依次为南京国环有机产品认证中心、中国有机产品、中国地理标志保护产品标示。
PS：从2018年2月开始，飞天53%vol500ml贵州茅台酒（带杯）（1×6）彩盒的“生产许可证号：QS520015010001”变更为“生产许可证号：SC11552038220099”,彩盒上“中国有机产品”标识图案的中间部分由“红色”变更为“橘黄色”。
