1、将剥开的菠萝蜜包上保鲜膜，然后放在放有竹叶、碎纸或蕉叶的竹筐或纸盒中，并放置阴凉通风处即可。存放时要注意好温度和湿度，一般情况下，存放温度保持在１１～１３度左右，湿度在８５～９５％条件下最好，这种可存放５～７天左右。最好是在５天内吃完，因为若温度太高的话，菠萝蜜会容易发酵，就不能食用。
2、吃不完的菠萝蜜可以将菠萝蜜用保鲜盒及保鲜膜封存冷藏，但是必须注意的是，如果冰箱环境比较差，需要对冰箱先行处理，否则细菌较多的冰箱仍然会导致菠萝蜜果肉的变质。
3、吃不完的菠萝蜜可以将果肉、果核、丝状物全部分开存放，果肉吃不完可以冷冻起来，丝状物可以炒菜食用，果核可以洗净后风干处理。
