科属不同
黄芩是唇形科多年生草本植物；肉质根茎肥厚，叶坚纸质，披针形至线状披针形，而黄芪是豆科黄耆属植物，为多年生草本植物，生长的高度可达50-100厘米，主根肥厚。
药性不同
黄芩味苦性寒，入心、肺、胆、大肠经，具有一定泄实火、止血、除湿热、安胎的作用，而黄芪味甘性微温，归肺经，具有一定补气固表、利尿、强心、抗菌等作用。
成分不同
黄芩含有大量的黄芩素、黄芩新素、汗黄芩甙、β-谷甾醇、黄芩新霉素、苯甲酸等成分，营养成分含量较高，而黄芪则含有大量的糖苷、多糖、黄酮类、氨基酸、微量元素、香豆素、甜菜碱、二甲基二氢异黄酮等，营养价值较高。
作用不同
黄芩具有一定健脾益气、补血养血等作用，主治脾虚气虚、脾气虚弱、贫血缺血等症状，而黄芪则具有一定健脾、益肺，可用于治疗自发性出汗、反复感冒、气短、咳嗽、胸闷等症状。
