产地不同
圣女果广泛分布于我国各地，南方、北方都可以种植圣女果，对环境要求不是特别的高，比较好养活；而千禧果主要产地在海南、广东、广西等地，对于光照、雨水等环境要求比较高。
品种不同
圣女果主要是从台湾引进的水果，属于茄科番茄属食物，圣女果又被称作小西红柿、小番茄果、樱桃番茄等，一般含糖量高，既可以做水果食用，又可以做蔬菜食用；而千禧果则是在圣女果的基础上进行培育的小番茄品种，属无限生长型樱桃番茄杂交种，千禧果一般做水果食用。
外观不同
圣女果的外形一般是偏向狭长型，尾部比较尖，整体色泽偏黄；而千禧果的外形偏圆，和圣女果相比，千禧果的个头会小很多，小巧精致，颜色一般呈深红色，色泽较为艳丽。
口感不同
圣女果果皮比较厚，果肉酸甜适中，有些甚至偏酸，既可以当做水果食用，也可以做菜吃；而千禧果外皮较薄，果肉柔软，果肉甜度以及含水量较高，主要被用来当做水果食用。
